Le Comité de planification de l’Assemblée, constitué par le Conseil de la FLM en 2013, s’est réuni une fois en 2014 à Genève et une fois en 2015 à Windhoek. Il a développé les grandes lignes du concept, du contenu et de la méthodologie de l’Assemblée. Au terme de ses travaux en juin 2015, il a confié au Conseil de la FLM la tâche de continuer à superviser la planification et les préparatifs entrepris par le Bureau de la Communion, et de régler les questions relatives à l’Assemblée.
Pendant sa session de 2014, le Conseil de la FLM a nommé les membres du Comité international de planification des cultes. Ce comité s’est réuni à Genève en mars 2015, à Windhoek en octobre 2015 et à Hildesheim, en Allemagne, en mars 2016. Il est chargé de créer le concept et d’organiser la vie de culte et de prière de l’Assemblée, notamment la liturgie célébrant l’anniversaire de la Réforme, et d’élaborer le livret de culte et de chants de la Douzième Assemblée.
Au Bureau de la Communion, les préparatifs sont menés collectivement par les membres du personnel, sous la direction et la coordination, respectivement, du secrétaire général de la FLM et de la coordinatrice de l’Assemblée. À Windhoek, un Bureau de l’Assemblée supervise les préparatifs réalisés sur place par le Comité local de planification de l’Assemblée et aide le Bureau de l’Assemblée à Genève à mettre en place les infrastructures logistiques et techniques de l’Assemblée.
En Namibie, le Conseil uni des Églises luthériennes namibiennes, qui réunit les trois Églises membres de la FLM dans ce pays, a nommé le Comité local de planification de l’Assemblée, à qui il incombe de promouvoir l’Assemblée en Namibie et de préparer les paroisses locales à leur participation à l’Assemblée et à la journée de commémoration.