En 2013, el Consejo de la FLM constituyó el Comité de Planificación de la Duodécima Asamblea que se reunió una vez en Ginebra en 2014 y otra vez en Windhoek en 2015. El comité elaboró los lineamientos generales del concepto, el contenido y la metodología de la Asamblea. Tras finalizar su labor, en junio de 2015 traspasó al Consejo de la FLM la tarea de supervisar continuamente la planificación y los preparativos emprendidos por el personal de la Oficia de la Comunión, así como las decisiones tomadas sobre asuntos de la Asamblea.
En su reunión de 2014, el Consejo de la FLM nombró a las/os integrantes del Comité Internacional de Planificación de la Liturgia que se reunió en Ginebra en marzo de 2015, en Windhoek, en octubre de ese mismo año y en Hildesheim, Alemania, en marzo de 2016. Este comité se ocupó de crear el concepto y la organización de la vida litúrgica y de oración de la Asamblea, incluida la liturgia de la conmemoración del V Centenario de la Reforma, y de producir el Libro de liturgia y cántico de la Duodécima Asamblea.
En la Oficina de la Comunión, el personal inició los preparativos colectivamente bajo el liderazgo del secretario general y la coordinación estuvo a cargo de la coordinadora de la Asamblea. A su vez, la Oficina de la Asamblea en Windhoek supervisa los preparativos locales de los que se ocupa el Comité Local de Planificación de la Asamblea y ayuda a la Oficina de la Asamblea de Ginebra a establecer la infraestructura logística y técnica de la Asamblea.
El Consejo de Iglesias Unidas–Iglesias Evangélicas Luteranas de Namibia, integrado por las tres iglesias miembro de la FLM, nombró al Comité Local de Planificación de la Asamblea encargado de promoverla en Namibia y preparar a las congregaciones locales para su participación en la Asamblea y el evento de la conmemoración.