Cada seis o siete años, representantes de nuestras iglesias miembros se reúnen en la Asamblea de la FLM que es nuestro órgano decisorio supremo. Este año lo haremos en Namibia donde la mitad de la población cristiana es luterana.
Entre las asambleas, el Consejo de la FLM que consta de 48 miembros se reúne una vez por año para gobernar la organización. La Asamblea elige a las/os miembros del Consejo, órgano que decide la estructura de la Oficina de la Comunión de la FLM, establece el presupuesto y presenta un informe anual a las iglesias miembro; también elige al secretario general y orientar su labor. La Mesa Ejecutiva se reúne dos veces por año para supervisar el funcionamiento de la FLM entre las reuniones del Consejo.
Actualmente, el presidente de la FLM es el obispo Dr. Munib Younan que en calidad de tal también preside la Asamblea, el Consejo y la Mesa Ejecutiva. El mandato del presidente dura siete años y el cargo incluye la supervisión de la vida y la labor de la FLM en consulta con el secretario general durante ese período.
Nuestras/os siete vicepresidentes representan a cada una de las regiones de la FLM. El Consejo les elige entre sus miembros por un mandato de siete años y puede tratarse de personas laicas u ordenadas. A su vez, representan a la FLM en la región a la que pertenece su respectiva iglesia y moderan las reuniones de líderes de la iglesia de la FLM en dicha región. Al igual que en el caso de los demás miembros del Consejo, el mandato de las/os vicepresidentes dura hasta la clausura de la siguiente Asamblea ordinaria.