Der Planungsausschuss für die Zwölfte Vollversammlung wurde 2013 vom LWB-Rat eingerichtet. Er trat 2014 in Genf und 2015 in Windhuk je einmal zusammen. Der Ausschuss erarbeitete einen Rahmen für Konzept, Inhalt und Methodik der Vollversammlung. Er schloss seine Arbeit im Juni 2015 ab und übergab dem LWB-Rat die weitere Aufsicht über die Planung und Vorbereitung, die die Mitarbeitenden im Büro der Kirchengemeinschaft vorantreiben. Der Rat entscheidet über alle Angelegenheiten im Zusammenhang mit der Vollversammlung.
Bei seiner Tagung 2014 ernannte der LWB-Rat die Mitglieder des Internationalen Ausschusses zur Planung der Gottesdienste. Der Ausschuss tagte im März und Oktober 2015 in Genf bzw. in Windhuk sowie im März 2016 in Hildesheim (Deutschland). Der Ausschuss ist dafür verantwortlich, die Gottesdienste und Andachten bei der Vollversammlung zu konzipieren und zu organisieren, einschließlich der Vorbereitung der Liturgie zum Reformationsgedenken und der Erstellung des Gottesdienst- sowie des Liederbuchs für die Zwölfte Vollversammlung.
Im Büro der Kirchengemeinschaft ist die gesamte Mitarbeitendenschaft unter Leitung des Generalsekretärs und organisiert durch die Vollversammlungskoordinatorin an den Vorbereitungen beteiligt. In Windhuk übernimmt ein Vollversammlungsbüro die Vorbereitungen vor Ort, die der Lokale Planungsausschuss für die Vollversammlung verantwortet. Das lokale Büro unterstützt außerdem das Vollversammlungsbüro in Genf bei der Einrichtung der logistischen und technischen Infrastruktur der Vollversammlung.
In Namibia hat der Vereinte Kirchenrat der namibischen evangelisch-lutherischen Kirchen, dem die drei LWB-Mitgliedskirchen angehören, einen Lokalen Planungsausschuss eingesetzt. Der lokale Ausschuss ist dafür verantwortlich, die Vollversammlung in Namibia zu bewerben und die Gemeinden vor Ort auf ihre Teilnahme an der Vollversammlung und am Reformationsgedenken vorzubereiten.